Si vous avez également perdu votre configuration en mettant à jour Hyper en version 3.0.0, vous pouvez la rétablir en ouvrant les paramètres (CTRL+,) et en copiant dans le fichier qui s'ouvre le contenu du fichier ~/.hyper.js (pensez bien à l'enregistrer en UTF-8).
Il semblerait que l'endroit où est stocké le fichier de config ait changé de ~/.hyper.js à %AppData%\Hyper\.hyper.js (sur Windows en tout cas) et qu'il ne soit pas capable de copier lui-même la configuration lors de la mise à jour.